Οι ιστορικοί δεσμοί που δεσμεύουν το Κυρίαρχο Τάγμα της Μάλτας με την Κυπριακή Δημοκρατία είναι σημαντικοί. Αυτό το νησί της Μεσογείου ήταν ο τόπος σημαντικών γεγονότων στην ιστορία του Τάγματος του Αγίου Ιωάννη της Ιερουσαλήμ από το 1210 έως το 1421.

Μετά την πτώση του Αγίου Ιωάννη της Άκρας και την απώλεια των Αγίων Τόπων το 1291, το Τάγμα του Αγίου Ιωάννη μετέφερε την έδρα και το νοσοκομείο του στη Λεμεσό της Κύπρου, όπου ήταν ήδη παρόν από το 1210 χάρη στην παραχώρηση σημαντικών περιουσιών, προνομίων και εμπορικών δικαιωμάτων.

Εδώ, πιστοί στην αποστολή τους, συνεχίζουν να χτίζουν νέα νοσοκομεία και η στρατηγική θέση του νησιού τους ενθάρρυνε να δημιουργήσουν ένα ναυτικό στόλο για την προστασία των προσκυνητών καθ’ οδόν προς τους Αγίους Τόπους.
Σήμερα αυτοί οι δεσμοί έχουν ενισχυθεί σημαντικά.

Στις 6 Ιουνίου 2012, εγκαθιδρύθηκαν διπλωματικές σχέσεις μεταξύ της Κυπριακής Δημοκρατίας και του Κυρίαρχου Τάγματος της Μάλτας.
Κατόπιν αυτής της συμφωνίας, στις 3 Οκτωβρίου ο Πρέσβης κ. Γεώργιος Φ. Πουλίδης επέδωσε τις Διαπιστωτικές Επιστολές του στον τότε Μεγάλο Διδάσκαλο κ. Fra’ Matthew Festing ως πρώτος Αξιοσημείωτος και Πληρεξούσιος Πρέσβης της Κυπριακής Δημοκρατίας στο Κυρίαρχο Τάγμα της Μάλτας.

Στις 29 Οκτωβρίου 2012, ο Πρόεδρος της Κύπρου κ. Δημήτρης Χριστόφιας έγινε δεκτός από τον Μεγάλο Διδάσκαλο κ. Fra’ Matthew Festing με την ευκαιρία της κρατικής του επίσκεψης στο Κυρίαρχο Τάγμα, την πρώτη από Αρχηγό Κράτους της Κύπρου. Τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας συνόδευαν η κα. Έλση Χριστόφια, η Υπουργός Εξωτερικών κα. Ερατώ Κοζάκου-Μαρκουλλή.